Още на конгреса си в края на 1922 г. Военният съюз взема решение за отстраняване с преврат на правителството на Стамболийски. Същевременно освен на Военния съюз Кимон Георгиев е и сред основателите на Народния сговор. През април 1923 г. БЗНС печели предсрочните парламентарни избори, получавайки 52% от гласовете и 212 от общо 245 места в Народното събрание.

Но още през януари се появяват слухове за готвения преврат, които достигат до правителството. В същото време селската партия изпада във все по-тежка вътрешнополитическа изолация, конфронтирайки се с традиционните партии от Конституционния блок, много от водачите на които са хвърлени в затвора или подложени на гонения. Враждебни са и отношенията й с БКП, която смята правителството за свой главен враг

и го определя

като “фашистко”

Между враговете на правителството на БЗНС са и Военният съюз, който официално е забранен, но обединява много действащи и запасни офицери, както и Вътрешната македонска революционна организация (ВМРО), която се ангажира да унищожи Нишкото споразумение - част от Ньойската система от договори за мир след Първата световна война, и се бори за правата на българите в Македония, попаднали под сръбска и гръцка власт.

След съставянето на новия парламент през май Военният съюз активизира своите организации и провежда събрания на офицерите в различни гарнизони, подготвяйки се за насилствена смяна на властта. За целта са установени контакти с цар Борис III (чрез Христо Калфов) и с ВМРО (секретарят на Военния съюз Никола Рачев се среща в Пиринско с Тодор Александров). На 25 май е определена датата на военния преврат, изготвени са подробни планове на операцията с разпределение на задачите на отделните подразделения.

Превратът е проведен съгласно предварителните планове – действията в София започват в 3 часа сутринта на 9 юни, а половин час по-късно след телеграфно потвърждение започват да действат организациите в гарнизоните в провинцията. За действията в София отговарят Велизар Лазаров и Дамян Велчев – те, както и много други запасни офицери обличат отново униформите си и поемат командването на военни части.

В резултат на преврата е свалено правителството на Александър Стамболийски и е образувано ново начело с Александър Цанков и включващо представители на всички опозиционни партии с изключение на комунистите.

Организаторите на преврата: Димо Казасов, Кимон Георгиев, Никола Рачев, Янаки Моллов, Иван Вълков, Александър Цанков, Христо Калфов, Иван Русев, Петър Тодоров, Цвятко Бобошевски, се събират в 10 часа предишната вечер в дома на Иван Русев. Тук в четири и половина през нощта Лазаров и Велчев им докладват за успеха на преврата. Цар Борис III, след като изчаква потвърждение от гарнизоните в страната и реакцията на чуждите посолства,

утвърждава с указ новото правителство

по обяд на 9 юни.

В Славовица, където се намира Стамболийски, се събират стотици въоръжени селяни от околните села и под негово ръководство на 10 юни се разполагат в околностите на Пазарджик. Стамболийски не издава заповед за нападение, понеже му е ясно, че силите са неравни, а надеждата за подчинение на местния гарнизон на вече бившия министър-председател не се осъществява. За да не се превърне обсадата на Пазарджик в кървав погром, Стамболийски разпорежда на 11 юни селяните да се разпръснат. Самият той e заловен и на 14 юни е зверски умъртвен с ножове от активисти на ВМРО. Дейци на македонската организация убиват и Райко Даскалов, и други земеделски водачи и сътрудничат на Цанков срещу левицата.

На места има опити за съпротива от страна на земеделски активисти и отделни групи доброволно присъединили се към тях комунисти, останали в историята като Юнско въстание. Опитът за въстание обаче няма организиран характер, централизирано и единно ръководство, което спомага за лесното му потушаване.

Ръководството на БКП се отказва да се намеси в защита на сваленото земеделско правителство, заемайки "позиция на неутралитет". ЦК на комунистическата партия преценява, че става дума за уреждане на сметки между "селската и градската буржоазия", и не подкрепя възможната съпротива на земеделците.

В периода след това Кимон остава част от кръга на превратаджиите, които овладяват властта, но не е на първия ред на събитията. Изглежда, тук за първи път се проявява неговият особен усет да предвижда събитията, който някои отдават на възможно влияние от външни зависимости.

Така Георгиев, макар че става депутат от Демократическия сговор и получава дипломатически мисии в Централна Европа, успява да се държи на известна дистанция от новите управляващи. Самият той

ранен при атентата,

извършен от комунистите в катедралата "Света Неделя", Кимон Георгиев не се обвързва с репресиите, провеждани в отговор на терористичния акт от правителството на Александър Цанков. Напротив – през 1925 г. влиза в нов заговор – този път за замяната на министър-председателя с по-умерения Андрей Ляпчев.

В новия кабинет заема скромното място на министър на железниците. Но през 1928 г. напуска и този пост, защото е несъгласен с превръщането на БНБ в частна финансова институция, и особено решително се противопоставя на нарастващата роля на ВМРО в държавата.