През май 1876 г. Бенковски е застрелян от засада след предателството на Вълю говедаря. Главата му е отрязана още докато агонизира.

Натъкната на върлина, със запърчени клепачи, тя два дни е поругавана пред тетевенския конак. После заедно със заловения въстаник отец Кирил тя е изпратена на съда в София. Там след разпита му главата вече не е нужна като веществено доказателство.

Слагат я в конска торба и я предават в дома на софийския владика Мелетий със заръка да се погребе по християнския обичай. На 21 май (стар стил) свещеникът Христо Павлов погребал по нареждане на владиката главата в новите гробища. Според Стоян Заимов той извършил ритуала "мълчешката". И други освен Заимов твърдят, че главата на Бенковски попада в същото гробище, където са тленните останки и на Левски.

Никой не твърди обаче, че тя е заровена в неговия гроб.