Първоначално кандидат за президент от СДС е д-р Петър Дертлиев, предложен от д-р Желев, тогава лидер на съюза. След петото гласуване става ясно, че д-р Дертлиев е неизбираем и от СДС издигат кандидатурата на д-р Желев. Има и хора против - те смятат, че без него СДС ще се разпадне. Което и става.
На 30 юли 1990 г. се срещат контактните групи на БСП и СДС. Луканов прочита от едно листче 7 условия, при които социалистите биха подкрепили д-р Желев. Едно от условията е вицепрезидент да бъде ген. Атанас Семерджиев.

Подразнен от ултимативния тон на Луканов и от невъзможността някои от условията на БСП да бъдат изпълнени, Желев казва: “Има и осмо условие - отвод!”. Започват дълги преговори и договорки. На 31 юли е издигната официално кандидатурата на лидера на СДС.

На 1 август след драматични перипетии в пленарната зала и зад кулисите д-р Желю Желев е избран за председател (президент) с 25 гласа над необходимия кворум от 2/3.

В суматохата, докато от СДС се радват, от трибуната на парламента д-р Желев предлага за вицепрезидент ген. Семерджиев. В дълголетната ни история д-р Желю Желев е и първият държавен глава, застанал начело на страната чрез преки, свободни и демократични избори. А не по монархическо наследство, чрез заговор, преврат, кърваво въстание или революция.

Първият указ, който новият държавен глава подписва, е №51 от 7 август за отмяната на жителството. Д-р Желев беше начело на държавата два мандата. От 1 август 1990 -а до 19 януари 1992 г., избран от ВНС, и от 21 януари 1992-а до 21 януари 1997 г., избран чрез пряк вот на народа.

Създава фондация

и Балкански

политически клуб

В края на мандата - на 17.9. 1996 г., е регистрирана като самостоятелно юридическо лице фондацията “Д-р Желю Желев” - независима и неправителствена организация. В кръщелното й свидетелство е записано, че “тя е продължение на идеите на д-р Желев за утвръждаване на демократичните принципи и ценности в страната.”

Първите си проекти фондацията прави заедно с партньори като Обединени холандски фондации, фондация “Фридрих Науман”, фондация “Чарлз Стюарт Мот” и др.

През 1998 г. фондацията стартира най-значимата си програма - “Президентска библиотека”. Амбицията е да бъдат издирени, систематизирани и публикувани автентични документални материали, свързани с предисторията и началото на прехода в България.

На 26 май 2001 г. в София д-р Желю Желев създава Балкански политически клуб (БПК) и е избран за негов президент. Учредителното събрание е под мотото “Да европеизираме Балканите!”

Д-р Желев почина на 30 януари 2015 г. Той е един от малцината, минали през политическата мелница, но запазили честността и морала си.