Независимо колко царствена е разточителната церемония, тя не е достатъчна, за да му осигури трона. След две години Франция стартира операция, след като Бокаса убива около 100 деца, които хвърлят камъни по колата му. Безкръвният преврат възстановява Дако като президент. Самият Бокаса бяга в Либия, а след това търси убежище във Франция.

Доста наивно той се връща в родината си през 1987 г., където е арестуван и осъден на смърт. Тази присъда е заменена с доживотен затвор година по-късно. През 1993 г. след всеобща амнистия бившият диктатор е освободен.

Бокаса остава в ЦАР до края на живота си. През 1996 г., когато здравето му се влошава, той се провъзгласява за Тринадесетия апостол и твърди, че е имал тайни срещи с папа Йоан Павел II. Бокаса умира от сърдечен удар на 3 ноември 1996 г. в дома си в Банги на 75-годишна възраст, като оставя 17 съпруги и повече от 50 деца.